中国孵化器的发展，总体上讲是以中心城市开始向全国扩散，这是因为中心城市教育科技发达，创新创业资源丰富，创新创业的文化氛围比较好。在全国教育和科技发达的中心城市引领下，科技企业孵化器逐步向全国各地市县乡扩散，从沿海地区向中西部地区扩散。
一、由中心城市向周边地区辐射
中国科技企业孵化器经过30年的发展历程，源源不断地创造富有活力的新企业，为社会创造新财富、注入新活力，已成为驱动经济发展的重要引擎。因此，各地发展孵化器的热情不断高涨，孵化器也从中心城市向周边地区延伸辐射。
孵化器的辐射不断扩大。北京、上海、天津、江苏、浙江、山东、青岛、大连、武汉、合肥等省市已在实施孵化器覆盖各县区的发展计划；安徽、河南、湖南、湖北等中部地区和新疆、宁夏、内蒙古、广西等自治区孵化器发展势头迅猛，孵化效率和服务质量显著提升；内蒙古、西藏创立的异地孵化模式，目前已培育和引进大批高新技术企业到当地实现产业化发展。
中国第一家科技企业孵化器之所以能在武汉诞生，不能不说武汉作为中心城市的独特优势。
首先，武汉是中国重要的科研教育基地，创新创业资源极其丰富。当时的武汉不仅有众多实力雄厚的科研机构，而且还有35所大专院校，它们既能够持续不断地提供科研成果，还能够提供具有开拓精神的优秀人才。1996年年底，武汉地区高校职工总数达49374人。截至1987年3月，武汉地区共有自然科学研究机构468个，社会科学研究机构90个。东湖新技术创业者中心所在的洪山区，当年全区就有高校21所，中专26所，中央和省属科研机构22家，大中型企业62家，所有这些有利条件，为东湖新技术创业者中心的建立和发展奠定了重要的基础。
其次，武汉历史悠久，文化源远流长，商业文明高度发达。近代以来，武汉一度成为我国第二大工商业中心，被誉为“东方芝加哥”。
最后，武汉有着优越的地理位置，是中国内陆最大的水陆空综合交通枢纽，是承东启西、接南转北的国家地理中心，素有“九省通衢”之称。
正是由于这些优越的条件，加上当时武汉有大量的创业人员缺乏办公场所，因此，作为中心城市的武汉就成为中国第一家科技企业孵化器的理想首选地。
就在东湖孵化器如火如荼进行之时，武汉其他各区的孵化器还在含苞待放之中。为了推动科技企业孵化器的快速发展，培育高新技术产业，发展区域经济，2000年4月，武汉市人民政府在《关于加快高新技术创业服务中心建设与发展步伐的通知》（武政办[2000]63号）中提出：在促进高新技术开发区内科技企业孵化器发展的同时，提倡在高新区外建设科技企业孵化器。
2000年，江岸、汉阳、武昌等8个高新技术创业服务中心纷纷成立，东湖创业中心的经验，影响到武汉市高新区外的孵化器。
二、从沿海城市、中心城市向中西部城市扩散
中国的科技企业孵化器在30年的发展历程中，一方面表现出由中心城市向周边地区扩散的特点，另一方面还表现出由沿海城市、中心城市向中西部城市扩散的特点，新疆、西藏、内蒙古、青海最为典型。
成立于2005年6月的新疆申新科技合作基地有限公司（新疆上海科技合作基地，以下简称申新基地）是在新疆、上海两地政府的共同倡导和支持下，由乌鲁木齐市科技局、水磨沟区人民政府、上海市科技创业中心三方共同出资组建，是全国首家东西部合作共建的科技企业孵化器，是新疆首家尝试以公司化方式运营的孵化器。申新基地不断完善“创业苗圃—孵化器—加速器”科技创业孵化链条建设。通过自建、联合共建、托管等形式，打造了新疆创客中心、789创客营、极客空间站、新疆建设职业技术学院大学苗圃等多家众创空间。申新基地架起东西部科技合作的桥梁，在新疆和上海之间建设了上海研发公共服务平台—新疆服务驿站、上海技术交易所—新疆创新驿站、上海电力学院—新疆工作站3条“东智西引”公共技术服务平台，积极推动上海与长三角地区的政策、技术、项目、资金、人才等创新资源落地。根据新疆工作实际需求，每年确定一个主题，已连续承办了7届沪乌民生科技成果应用对接会，累计服务企业522家；推介展示东西部项目487个，促进91个项目签约，促进了一批成熟技术在新疆进行示范应用和产业化推广，推动了沪疆科技合作向纵深发展。
喀什新丝路电子商务运营有限公司由广州五行电子商务产业发展有限公司、广州大型国企广州建筑集团共同出资设立，是广东省援疆工作队为建设和管理喀什中国西部电商总部基地专门引进落地的企业，于2014年被认定为国家级科技企业孵化器，成为南疆地区首个国家级科技孵化器。公司运营的喀什中国西部电商总部基地，位于广东产业援疆重点项目——疏附县广州新城内，其以喀什为起点，以广州为支撑基地，以乌鲁木齐、兰州、西安为重要节点，集产业孵化、仓储物流、人才公寓及商业配套于一体。该基地总投资约3000万元，占地5万平方米，用工规模2000人左右，功能定位是在南疆地区打造一个环境优越、电商要素集聚、应用服务区域领先、支撑体系完善的电商产业园，同时为当地大学生及职业技能人才提供一个成熟的创业就业园。截至2015年4月，西部电商总部建成1.2万平方米创业就业孵化基地和400平方米“丝路电商科技振兴馆”，成功吸引入驻企业55家，孵化大学生电子商务创业团队17个，成功开展3期粤疆青年传帮带活动，培育学员377人。
成立于2007年的西藏（成都）科技孵化器是西藏自治区因地制宜，在四川省成都市建立的异地科技孵化器，由西藏自治区科技创业服务中心管理。孵化器场内建立了完善的信息服务平台；建立了一个标准化共享实验室，主要配备了生物制药研发所需的仪器设备。与成都天河孵化器共享学术报告厅、多媒体培训室、会议室、超市、餐厅、体育运动设备、健身中心和综合性试验室等，基本能够满足企业研发、办公和培训等方面的需要。
异地建立科技企业孵化器，是基于西藏特殊的地域环境，基于成都丰富的创新资源、优越的地理位置和较高的劳动力素质。西藏（成都）科技孵化器经过近10年的发展，孵化器平台设施不断完善，服务功能不断拓展，培育出一大批具有藏区特色的科技型企业，有效推动了自治区科技创新发展战略。
成立于2002年的北京中关村京蒙高科企业孵化器，是北京市人民政府与内蒙古自治区人民政府之间的重点科技合作项目，是国内首个异地孵化器。2002年9月被科技部批准为科技企业异地孵化试点，2006年科技部认定为国家级创业孵育中心。孵化器作为北京和内蒙古两地政府共同搭建的一个特定领域内科技密集型中小企业的综合高新技术创业平台，借助中关村地区特有的科技、人才、信息、金融、政策等优势资源，为高新技术企业和科技成果产业化提供良好的孵化环境，为内蒙古入孵企业和北京科技成果辐射内蒙古提供良好的硬件、软件、政策环境、其主要扶持的重点领域：生物质能源、地源热泵、农牧业装备制造、中蒙药、生物技术（干细胞）、信息化（软件外包）、新材料（稀土高能等离子注入技术产业化）、绿色生态及益生菌生物资源等。
青海中关村高新技术产业基地于2012年3月成立，是中关村国家示范区在北京市外建立的第一个辐射基地。该基地将产业聚集于生态保护、科技文化结合，建立太阳能光伏产业链、新型材料、水资源产业、健康产业、信息技术五大产业和科技孵化器，形成海东科技园独具特色的“5+1”专、精、特、新产业集群，建立留学人员创业园、软件园、河湟文化创意产业园、新材料新能源研发基地、节能环保园、青年大学生创业园、中欧国际创业园、物联网云计算服务平台、中关村大学科技园青海基地、青藏高原现代农业基地10个专业园，致力于打造青海省的“人才集聚基地、科技创新基地、企业孵化基地”。
三、地市县乡孵化器不断提升
历经30年的发展，全国各地孵化器呈现蓬勃发展的状态，不仅涌现了一批优秀的中心城市孵化器，而且在地市县乡（镇）孵化器中大量建设科技企业孵化器。这些孵化器各具特色，推动了当地经济社会发展。
广东省地级以上市已实现了科技企业孵化器全覆盖，珠三角多个地市70%区（县）实现覆盖，汕头、清远高新区内孵化器被认定为国家级科技企业孵化器，实现了粤东西北地区国家级孵化器“零”的突破。
江苏省江阴市为推动顾山慈善公益事业的发展，建立了第一个镇级公益孵化器—顾山公益坊。公益坊的成立，旨在吸引更多社会精英在公益组织资助方的服务型平台，充分发挥社会组织的公益力量，对全镇企事业单位、社会各界人士的爱心捐赠进行项目化、专业化、社会化运作，确保每一项捐赠善举都能精准服务。顾山公益坊作为顾山当地社会组织孵化器的主要阵地，以首批慈善公益冠名或慈善捐赠项目，即助老、助学、助困、助急、助医、助养、助餐、助残“八助”为内容，在社会组织注册、培育培训、运营管理和组织发展上，在协调全镇社工、义工和志愿者资源的整合、培育和管理上，在全镇公益活动资源的整合、策划、宣传和执行上，充分挖掘本地社会资源、发挥社会组织作用，进行项目化、专业化、社会化运作，以慈善之举唱响公益集结号，助力顾山社会创新，努力营造和谐的社会治理和社会服务的大格局。
2006年，武汉东湖创业中心将孵化能力辐射到苏州的木渎镇。木渎镇是苏州市的县域经济体，是中国历史文化名镇，是苏州城市西扩的核心商圈，毗邻苏州高新区，有无可比拟的区位优势。东创科技园以木渎创业园为基础，以创新服务为依托，将金枫路沿线的各小型工业园按照统一的产业布局规划进行重新布局和环境改造，建设以东创科技园为主的创新服务基地，形成木渎创新服务的特色品牌。项目总投资35520万元，总建设面积16万平方米，包括孵化（研究）服务基地、中试服务基地、配套服务基地。东创科技园为300多家创新型科技企业提供孵化服务，为区域提供3000个就业岗位；每年为木渎培育超过50家的高成长科技企业，孵化的企业每年上缴税收超过5000万元。